Das EU-Büro des BMBF stellt die allgemeine Anlaufstelle für übergreifende Informationen und Fragen zu Horizont Europa, dem 9. Rahmenprogramm für Forschung und Innovation der EU. Ziel ist, Interessierte mit den für sie relevanten Fördermaßnahmen, Projektformen und Instrumenten, Antrags- und Begutachtungsverfahren, Beteiligungsregeln und Vertragsmodalitäten vertraut zu machen und sie bei Bedarf an geeignete Ansprechpersonen zu vermitteln.

Das EU-Büro des BMBF fungiert als Geschäftsstelle des Netzwerks der Nationalen Kontaktstellen zu Horizont Europa in Deutschland und beherbergt zudem selbst mehrere Nationale Kontaktstellen. Das Bundesforschungsministerium hat die Nationalen Kontaktstellen als Mittler zwischen den Antragstellenden, der Europäischen Kommission und dem Ministerium eingerichtet. Ihre wichtigste Aufgabe ist die Information und Beratung von Antragstellenden und Projektdurchführenden. Daneben arbeiten die Nationalen Kontaktstellen den zuständigen Fachressorts der Ministerien zu und begleiten die deutschen Delegationen in den Programmausschüssen in Brüssel, wo die Durchführung der EU-Programme diskutiert wird.

Das EU-Büro bietet in diesem Zusammenhang  Seminare zu Horizont Europa für unterschiedliche Zielgruppen und Weiterbildungen zum/ zur "EU Referent/in Forschung" an.

2001 wurde vom Bundesforschungsministerium am EU-Büro des BMBF die Kontaktstelle "Frauen in die EU-Forschung" eingerichtet, die Wissenschaftlerinnen zu den EU-Rahmenprogrammen für Forschung und Innovation berät. Ziel ist, den Frauenanteil in Forschung und Entwicklung zu erhöhen und den Wissenschaftlerinnen Karrierechancen in der europäischen Forschung aufzuzeigen.

Seit Mai 2004 unterstützt und berät das EU-Büro das BMBF auch zu Themen der europäischen Bildungszusammenarbeit und ist bundesdeutsche Koordinierungs- und Kontaktstelle für "Eurydice - Informationsnetz zum Bildungswesen in Europa“.

Neben seinem eigenen Internetauftritt betreut das EU-Büro des BMBF auch das deutsche Portal zu Horizont Europa.